Ok, consegui resolver tudo mas parece que deus não quer que esse app vá pro flathub. Um dos passos da submissão é instalar o app localmente, da tudo certo mas app não instala por causa de um erro do ostree que aparentemente não tem nada a ver com o flatpak e que, teoricamente, foi resolvido duas versões atrás no ostree.
Quando eu falei que meu objetivo de vida era nunca concluir um projeto eu estava brincando, tá, deus? Era piada.