@ottoto2017 Mastodonの場合、
/home/mastodon/live の中の
.env.production
public/system/*
以外は消してしまっても入れ直せばOKです。
.env.productionにはシークレットが書き込まれているので、消えてしまった場合、思い出して再設定することができません。バックアップ必須です。
後者はオブジェクトストレージを使っている場合は未使用です。
bundle installによってインストールしたものはvendorディレクトリを、yarn installによってインストールしたものはnode_modulesを消してしまえばまっさらになります。
Mastodonのコードを復元する場合は、git reset --hard v4.2.12 などで特定のバージョンのソースコード状態にリセットしちゃいましょう。
rubyのバージョンは.ruby-versionに指定されているものを使います。node.jsのバージョンはpackage.jsonの先頭の方に{"engines": {"node": ">=16"}, などの記述がありますのでそれにあわせます。