Les dépendances ne sont qu'une partie du problème.
Une fois que t'as ton système de base avec son lot de bibliothèques nécessaires, soit chaque distribution package et maintient les milliers d'applications existantes (et toutes les distributions n'ayant pas la même communauté, nombre de bénévoles, ressources pour le faire…elles seront loin de pouvoir proposer le même nombre d'applications) soit on créé un unique Flatpak utilisable par tout le monde.