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+9+9になる直接の原因は分からなかったけど、別のデスクトップと見比べて分かった違いが、ノートの方はRTC（ハードウェアの時計）をJSTに設定していたことだった。
これは推奨されない設定だ、というのがいろんなとこに書いてあって、自分はそれを分かってなかった。たしかに現行、/etc/adjtimeの最後の行がLOCALだった。
ので、それをUTCに編集して、BIOSで時間を9時間減らして起動し直して、hwclock -vの表示でUTCとみなしているのを確認した。あとWindowsのレジストリいじっといた、何年ぶりだろう。

ただ再発しない確認をする術が今は分からないので、とりあえず様子見。でも前よりはよさげな状態になった。

こんな感じでした、どうも！ @ikeji