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新しくレポジトリを生やすのはちょっとめんどう。

ローカルコピーのディレクトリで、

$ git clone --bare . /tmp/repo.git
$ rsync -avz /tmp/repo.git リモートユーザ@sshサーバ:/tmp/

sshサーバーで、

$ export PROJ=プロジェクト名
$ sudo mv /tmp/repo.git /home/repository/git/$PROJ.git
$ sudo chmod -R og-rwx /home/repository/git/$PROJ.git
$ sudo chown -R リモートユーザ.リモートグループ /home/repository/git/$PROJ.git

ローカルコピーのディレクトリで、

$ git remote add origin リモートユーザ@sshサーバ:/home/repository/git/プロジェクト名.git