Durante alguns estudei o Gnosticismo, e esta dúvida de "Deus é bom porque deixa o mal acontecer" e derivações como a tua lá tem caminho de explicação. Não cabe num tute, mas...
Bem e mal são conceitos mundanos, morais, humanos; Deus (como você quiser chamar ou entender) está acima disso, portanto além da nossa compreensão.
Tudo é parte da unicidade, mas enxergamos separadas partes. Lúcifer, por exemplo, não "mau", é parte.
O maniqueísmo é fruto de nossa limitação de compreensão.