Alors en fait la commande suggérée ici https://askubuntu.com/questions/1029223/why-is-the-flatpak-repo-folder-so-hugeest est bien pour /var/tmp mais je l'ai lancée dans /var/lib/flatpak/repo/tmp/ (et ça m'a libéré 6 Go donc).
J'avais pas fait attention à la différence, merci de ta remarque !
J'ai bien lancé la commande rm -rfv flatpak-cache-* sans chemin absolu, dans le dossier /var/lib/flatpak/repo/tmp/ spécifiquement - je préfère ça au rm -rf avec un chemin absolu, trop de risque d'erreur (par exemple si on met un espace par mégarde).