Reparei que nos momentos em que os backups da Bolhinha eram executados, acontecia uma lentidão terrível que disparava até e-mail do monitoramento.
Descobri que eram os processos do Mastodon consumindo mais memória do que necessário, aí na hora do backup não tinha o bastante pra tudo funcionar.
Fiz uns ajustes no alocador de memória e agora faz 10h que está rodando e somente metade da memória está em uso.