Faz pouco tempo venho utilizando o Leantime (https://leantime.io/) para gerenciamento de projetos em equipes e tem funcionado muito bem, apesar de algumas limitações no software. O bom é que é software livre e mantenho uma instância dele rodando em meu servidor.
Para projetos de pesquisa dos alunos venho tentando utilizar o Gitlab em uma mescla de tarefas cadastradas como issues e relatórios períodicos para acompanhamento. >>