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@tak4 たかしさん、ありがとうございます。「特殊な例」「サーバー管理者以外には何をどうすることもできない」確かに…。

違う例にはなるかもしれませんが、過去に工場内イントラネットの業務システムを構築した際、基本的には OSS で構築をしようといった方針でしたが、既存の業務システム (連携するためのファイル転送ソフトや対象の工場内機器 + 管理ソフウェアが FLOSS ではない) との連携をする方向になり、、
開発時点で FLOSS ではないソフトウェアが絡んでいるので、管理者ですらある程度の所までしかコントロールができない状態でした。
元々の専門的な (もしくは特化した) 業務ロジックをシステムに落とし込むという特性上、システムも複雑ですし、仮にコードがオープンになっていてもどうすることもできないことが多い、そのような意味でも特殊ですよね。