Tava vendo aqui e é extremamente simples rodar um flatpak via Wsl2 (com uma distro instalada), precisa de uma instalação (xming) a a exportação de uma variável ( export DISPLAY=:0).
Logico, no windows o sandbox não funciona, mas a questão nem é essa. A questão é ter o software disponível. É muito, mas muito mais fácil do que recompilar um codigo criado pensando em flatpak para rodar no windows.