@felipesiles até que não achei o app oficial tão ruim assim, sendo sincero. É uma pegada mais "Discord", então é compreensível não curtir muito...
Só tem um segredinho: quando você cria a conta no Beeper você não define uma senha para a sua conta, o login é feito sempre através e códigos de verificação enviados ao seu e-mail. Dessa forma, para poder fazer login na conta em clientes de terceiros é necessário usar o fluxo de recuperação de senha a partir de algum dos clientes (fiz pelo webapp do Element.io). Aí sim você consegue definir uma senha para usar nesses casos.
Tive que entrar em contato com o suporte deles para ter acesso a essa informação, infelizmente, poderia ter sido melhor documentado na seção de ajuda...