@red não tem os critérios do empacotamento Debian, por exemplo, que desabilita algumas coisas que ferem a DFSG. Eu só uso porque sei mesmo e deixo tudo em /home/leandro/.var e /home/leandro/.app. Quando desinstalo algo, logo após eu desinstalo os runtimes com a flag --unused.
Para alguns programas, como o Kodi, eu até copio essas pastas entre as máquinas para ter as mesmas configurações.