これまでに、礼拝所不敬罪は意外な事件でも適用されている。
・1975年7月、沖縄県糸満市の「ひめゆりの塔」で天皇皇后両陛下(当時は皇太子ご夫妻)が供花したところ、男2人が火炎瓶や爆竹を投げつけた事件で、礼拝所不敬罪などで実刑判決を受けた。
・2010年5月、著名な写真家が東京都港区の都立青山霊園内で、女性モデルのヌード写真を撮影したとして、礼拝所不敬罪などで略式起訴された。
・2011年8月、東京都千代田区の靖国神社に対する抗議行動で、祭祀業務を妨害したとして、台湾の立法委員(国会議員)を礼拝所不敬罪の容疑などで書類送検している。
・2012年7月、世界遺産で国名勝である和歌山県那智勝浦町の「那智の滝」で、御神体の滝でロッククライミングをしたとして、若手登山家3人が礼拝所不敬罪の容疑などで書類送検された…