@ikeji @tadd YubiKeyにパスワード(PIN)をかけられます。試していないのですが、SSH私有鍵としてYubiKeyを使う場合はYubiKeyに格納されたOpenPGP私有鍵を使うだろうと思います。この場合YubiKeyはSecurecardとして働いて、ホストのSecurecardデーモンから署名や復号を依頼する時にホストからPINを送るようです。3回間違えると私有鍵を利用できなくなるそうです。
この記事に書いたのはYubiKeyの普及前からあったセットアップだったので踏み台に私有鍵が置きっぱなしになっています。また、Securecardデーモンが無い端末からでもログインしたい場合もありそうで、抜け穴を開けたままにしてあります。今から始めるとするともっと安全なセットアップにできそうですね。