@haru5311 配置されたデータに含まれる特色版(スポットカラー)が表示され、それが削除できないのは仕様です。
ダブルトーンに限らず、スポットカラーチャンネルを含むPhotoshop画像や、スポットカラーを含むIllustratorファイルをリンク配置した時も同様の挙動となります。
ルールの趣旨を考えてても、配置する全データにスポットカラーを含まないよう運用するのがキモになるところなので、むしろこの性質を利用して問題のあるデータを絞り込むために使う方向で攻めるのが良いかと。
分版プレビューパネルを常にみるようにした方が楽かな。