@gnusocialjp サブディレクトリにこだわる理由はとくにはなくて、ルートディレクトリはすでに運用しているものがあったのでサブディレクトリにインストールできるならっていうぐらいでした。とりあえずルートディレクトリにインストールしてみたのですが、下記のようなエラーが表示されて、
"Warning: Creating default object from empty value in /xxx/public_html/gnu-social/plugins/ActivityPub/classes/Activitypub_rsa.php on line 85"
該当箇所を確認すると"Private key getter"というところで
$apRSA->private_key = $this->private_key;
という行がひっかかっていたようなので、やはりprivate keyでつまづいているようでした。ちょっとお手上げなのでもう少し勉強してから再挑戦してみます。ドメインの移管が終わったらサブドメインのためにVPSを契約する予定なので、そのときにもう少しいじってみるかも。