ソフトウェアが違うので違うのは当然です。ただし、Mastodonに対するFedibird、Pleromaに対するRebased/Akkomaのように、元ソフトからフォークして派生したものがあり、その場合は非常に似ています。

APIが同じならば、バックエンドの実装がRuby/JavaScript/C言語でも何だったとしても、使う側には無関係です。

VOICEBOXがどういうものかよく知りませんが、たぶん合っていると思います。