Alors je vois une raison moi à cette apostrophe : C'est la moins pire des solution pour représenter cette paire de mots. En effet :
- "y a" laisse penser que ce sont deux sont séparés et non pas une diphtongue ;
- "ya" Laisse penser qu'il s'agit d'un seul mot laisse penser qu'il s'agit d'un seul mot alors qu'il y en a deux.