Yo entiendo que la firma digital la haces con el certificado digital (o dni electrónico, pero nunca funciona bien).
El certificado al final es un archivo.
Una vez que tienes el certificado, cuando tienes que entrar en una web oficial te lo pide (y el navegador coge ese archivo).
O cuando tienes que firmar un documento abres el programa de firmar (Autofirma), y lo firmas con ese archivo.
https://firmaelectronica.gob.es/Home/Ciudadanos/Firma-Electronica.html