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   インプレゾンビ :verified: (kuuichi09@mstdn.poyo.me)'s status on Friday, 07-Apr-2023 14:40:15 JST インプレゾンビ :verified:

   ProteinのSimulated annealing何使ってた？って聞きたかった

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     :nonke:​​謎の団地妻メーカー​:homoo: (204504byse@homoo.social)'s status on Friday, 07-Apr-2023 14:40:14 JST :nonke:​​謎の団地妻メーカー​:homoo:

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     • かき@GNUsocialJP

     @kuuichi09 そういうのは特に…

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     インプレゾンビ :verified: (kuuichi09@mstdn.poyo.me)'s status on Saturday, 08-Apr-2023 14:45:01 JST インプレゾンビ :verified:

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     • :nonke:​​謎の団地妻メーカー​:homoo:

     @204504bySE もしかして protein folding 関係はFolditだけ？

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     :nonke:​​謎の団地妻メーカー​:homoo: (204504byse@homoo.social)'s status on Saturday, 08-Apr-2023 14:45:01 JST :nonke:​​謎の団地妻メーカー​:homoo:

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     • かき@GNUsocialJP

     @kuuichi09 確かにあまりやってないのだ :nonke:

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     :nonke:​​謎の団地妻メーカー​:homoo: (204504byse@homoo.social)'s status on Saturday, 08-Apr-2023 15:25:37 JST :nonke:​​謎の団地妻メーカー​:homoo:

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     • かき@GNUsocialJP

     @kuuichi09 :nonke: ふええええええ

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     インプレゾンビ :verified: (kuuichi09@mstdn.poyo.me)'s status on Saturday, 08-Apr-2023 15:25:38 JST インプレゾンビ :verified:

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     • :nonke:​​謎の団地妻メーカー​:homoo:

     @204504bySE かなり専門的な話になるんだけど、タンパク質の動きを見るのに、簡易的に形態変化が見られないかなというので、simulated annealingで多数の構造を発生させ、Cαか側鎖まで含めたRMSD等の類似スコアで三角行列を作って、その主成分分析で2次元に落とし込んでから、Simulated annealing時のエネルギーから、ローカルミニマムを通過するような経路が構造の変遷ではないかと思い続けていて（5年くらい）、
     誤解していたのが発生させる構造の量で、5MBの構造を1000個発生させれば高々5〜10GBなので現実的ですねと言う構想（5〜10TBって思ってた）

     覚悟決めてやってけりをつけようかと