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もともと microkernel の発展に、OS 機能のうち特権が必要な IPC やプロセス生成の部分だけのところを exokernel、filesystem や network、POSIX API のような microkernel の server にあたる部分を SDK のただのライブラリーにしてしまってアプリのバイナリにそのままくっつけてしまう library OS、という組み合せが 1995 年に提唱されている前史がまずある。
で、2013 年に exokernel を Amazon EC2 のようなクラウド IaaS 上の VM 環境を提供する hypervisor、library OS + app の組み合わせを VM 上の単一の OS kernel と app の結合（つまり、uni な kernel）、という現代への翻案をした論文が出てきて、unikernel はそれを実現する MirageOS という実装に対するアーキテクチャ名としての命名でした